git rm
Удаляет файлы из рабочего каталога и из индекса.
Сигнатура
git rm <путь>...Удаляет файл и сразу регистрирует удаление в индексе. Опция --cached убирает файл только из-под контроля версий, оставляя его на диске (удобно, когда файл случайно попал в репозиторий). Флаг -r позволяет рекурсивно удалять каталоги.
git rm old-file.txt
git rm --cached secret.env