alert или console.log — в чём разница и что использовать для отладки?

Разница большая:

• alert(x) — всплывающее окно для пользователя. Оно блокирует страницу: пока не нажмёшь «ОК», ничего не работает. Показывает значение как строку, плохо отображает массивы и объекты.
• console.log(x) — для тебя как разработчика, выводит в консоль (F12 → Console). Не блокирует, можно вывести сколько угодно раз, нормально показывает массивы и объекты, можно раскрыть и посмотреть структуру.

Для отладки почти всегда используй console.log:

console.log('значение x:', x);
console.log(myArray);  // увидишь массив целиком

alert оставь для случаев, когда реально надо что-то сообщить пользователю.