Как создать двумерный список (матрицу) в Python?

Вы наткнулись на классическую ловушку. [[0]*3]*3 создаёт три ссылки на ОДИН и тот же внутренний список, поэтому изменение одной «строки» меняет все:

grid = [[0]*3]*3
grid[0][0] = 5
print(grid)   # [[5,0,0],[5,0,0],[5,0,0]] — испортились все!

Внешний *3 копирует не сам список, а ссылку на него.

Правильно — создавать каждую строку отдельно через генератор списка:

rows, cols = 3, 3
grid = [[0]*cols for _ in range(rows)]

grid[0][0] = 5
print(grid)   # [[5,0,0],[0,0,0],[0,0,0]] — верно!

Здесь for _ in range(rows) на каждой итерации создаёт новый список [0]*cols, поэтому строки независимы. Внутренний [0]*cols безопасен, потому что числа неизменяемы — там ловушки нет.

Обход матрицы:

for r in range(rows):
    for c in range(cols):
        grid[r][c] = r * cols + c

или по значениям:

for row in grid:
    for value in row:
        print(value, end=' ')
    print()

Запомните правило: * для вложенных изменяемых объектов копирует ссылку, а не данные. Для матриц всегда используйте генератор [... for _ in range(n)].